科学研究

基于多重ddPCR的微生态分析方法 Multiplex droplet digital PCR facilitates sensitive, cost-effective, and easy-to-understand human microbiota analysis

2023年05月12日

成果简介(300-500字)

阴道微生态是女性重要微生态区之一,在女性生殖道的健康和疾病中起着重要作用。通过分析阴道微生物的组成及相对丰度,对阴道微生物群落状态类型(CST)进行分型,可帮助监测和分析女性阴道的健康状况。

现有的微生态分析方法包括培养法和高通量测序技术,但均存在检测时间长、成本高、数据繁冗且灵敏度不足等问题。针对上述问题,本项目提出了一种多重液滴数字PCR(ddPCR)方法,对人体微生物进行快速鉴定和准确定量分析。在对高丰度的卷曲乳杆菌(L. crispatus)和低丰度的惰性乳杆菌(L. iners)的双重检测中,多重ddPCR方法可以定量0.001%L. iners,比16S rRNA测序方法提升100倍。多重ddPCR方法可以在4小时内进行样品的批量定量检测,手动操作时间少于1小时。利用多重ddPCR方法对50例临床阴道拭子标本进行阴道微生物群落状态类型(CST)分类结果与16S rRNA测序结果完全一致。以上结果表明多重ddPCR方法在临床微生物分析中具有巨大潜力。

相较于传统的微生态分析方法,本方法检测成本低、时间短,5小时内可获得分型结果;结果分析简单;检测性能更优,可鉴定到“种”水平,灵敏度低至0.001%,可以更好地满足微生物分析的要求;方法扩展性好,可推广至肠道微生态、口腔微生态分析等。

四重ddPCR二维荧光液滴分布图:


四重ddPCR16S rRNA测序的灵敏度比较图:


四重ddPCR16S rRNA测序对50例阴道拭子样本进行CST分型的结果比较图:


技术创新

     (1) 建立四重ddPCR反应体系,对四种常见的阴道乳杆菌进行定量,同时利用GAPDH基因作为参比基因进行归一化,快速准确实现阴道群落状态类型分型,且灵敏度可达0.001%

(2) 多重ddPCR方法可通过设计特异性引物、探针,实现对其他微生物的鉴定和定量分析。

专利情况

申请号(授权号):202011164085.9,尚未授权

市场前景及应用领域

微生物诊断是指通过病原学诊断和药物敏感性分析为临床传染性疾病的预防、诊断、治疗和疗效观察提供依据,它是体外诊断的细分市场之一,约占体外诊断市场的4%,市场占比相对较小。与欧美等发达国家相比,我国微生物诊断行业研究起步较晚,受技术、研发、设备等因素影响,我国微生物诊断市场发展缓慢,且微生物培养基种类单一。目前我国微生物诊断市场仍由外资企业占据市场主要地位,微生物诊断产品国产率不足22%。由此来看,我国微生物诊断国产替代空间广阔,未来行业发展潜力较大。

- 数据来自新思界产业研究中心《2021-2025年全球微生物诊断行业深度市场调研及重点区域研究报告》

利用多重ddPCR技术进行微生物分析,相较于高通量测序方法成本更低(单个样本仅需不到100元),周期更短(约5小时),结果分析简单易懂,可以鉴定到“种”水平,灵敏度可达0.001%(比测序方法提升100倍),因此多重ddPCR技术在微生物分析领域具有巨大的发展潜力。

合作方式:技术转让、面谈等

成果单位:深圳大学医学部生物医学工程学院

成果负责人:陈雯雯

联系方式 :15901029669

电子邮箱:chenww@szu.edu.cn